ANEP tiene sus raíces en el Comité de Pensionados de la Cooperativa del Magisterio CODEMA, creada en el 2003, y del cual se designó una comisión para elaborar los estatutos llevados a Asamblea con 32 docentes pensionados de Bogotá realizada el 19 de septiembre de este año, la cual eligió una Junta Provisional de ANEP presidida por Ismael Beltrán Rodríguez y Secretaria General Ana Virginia Acosta de Garzón, ambos ya fallecidos. El 4 de octubre se realiza Asamblea en la cual se afilian 150 pensionados y se ratifica la Junta Directiva. Mediante Resolución 3503 del 10 de septiembre de 2004, del Ministerio de Protección Social, adquiere su Personería Jurídica.
En el año 2005 se subdivide el trabajo de la Junta en Regiones para impulsar las seccionales y se logra la creación de la primera en Antioquia, que se inscribe en 2007, año en el cual se creó la de Casanare, en 2008 Cundinamarca, en 2009 se crea la Seccional en Sucre y se da la afiliación a la Confederación de Pensionados de Colombia CPC, entre 2009 y 2010 se compra la actual sede de ANEP con recursos de sus afiliados y un crédito en CONFIAR, en el año 2011 se logra consolidar la Seccional de San Andrés y se crea la de Amazonas, en 2012 se crea la seccional de Santander, en el 2013 se elige Junta Directiva provisional en Cesar y logra inscribirse en el 2014, año en el cual se elige Comité de Pensionados en Risaralda, el cual conduce a la creación de la seccional en 2015, año en que también se crea la del Quindío, el 20 de noviembre de 2018 se elige Junta Directiva de ANEP Bogotá, inscrita en el Ministerio de Trabajo en Mayo de 2019, así aparece la seccional de los pensionados de Bogotá que fueron los fundadores de ANEP.
Con la pandemia en 2020 y 2021, se impuso la comunicación vía virtual debido al encerramiento a que fuimos sometidos, en el 2022 se reactivan las seccionales de Antioquia, Tolima y Casanare.
El 13 de abril de 2023 en Asamblea General de Delegados se elige la última Junta Directiva que se inscribe en el Ministerio de Trabajo el 16 de junio del mismo, la cual ha regularizado sus reuniones, ha aprobado un Plan de Trabajo y un Pliego de Peticiones a presentar al Gobierno y una serie de reuniones y charlas con sus seccionales, presidentes y afiliados a nivel nacional.
(Elaborada por Jorge Enrique Laverde Herrera Presidente de ANEP a partir de la Reseña histórica de ANEP Bogotá escrita por Rosalba Bobadilla, Secretaria de Asuntos Jurídicos y Laborales de esta seccional)